离子阱仪器的工作原理类似于四极杆仪器。然而，与过滤流动离子的四极杆仪器不同，离子阱会将离子储存在三维空间中。在饱和之前，离子阱可根据离子质量数喷射指定的离子供检测器检测。
离子阱内部可进行一系列实验，碎裂目标离子，以便根据碎片离子更好地定义母离子。通过连续碎裂单个分析物获取更多结构信息的能力（即碎裂离子，选择特定碎片离子并重复碎裂过程）称为MSn。
通过对堆叠式或“三明治”式的几何结构（两端设置端盖电极）施加RF电压产生的电场会将离子捕获到两个电极之间的空间中。爬升或扫描RF电压可使处于长期频率或捕获状态的离子被喷射出来。然而，动态范围往往受限。用于离子的体积和容纳空间有限，导致仪器的测定范围受到限制，特别是对于复杂基质中的样品。
鉴于功能设计相似，离子阱与四极杆被组合起来，通过结合四极杆的离子流优势和离子捕获行为的优势来提高灵敏度，实现单独使用两种仪器中的任何一种都无法完成的即时(on-the-fly)实验。
参考：
https://www.waters.com/nextgen/cn/zh/education/primers/the-mass-spectrometry-primer/common-ionization.html
